Низовья озера Тонлесап с рисовыми полями и долина Меконга отгорожены на севере горной цепью Дангрэк, а на юге и юго-западе - Кардамоновыми горами. Меконг делит низину на восточную и западную части. В то время как верховья реки густо заросли лесами, в низовьях находятся рисовые поля. Озеро Тонлесап в центре страны - самый крупный и богатый рыбными запасами внутренний водоем Юго-Восточной Азии.
Величайшей угрозой для природной среды Камбоджи является экспорт леса, который уменьшил лесные запасы страны с 75 % в середине 60-х до 49 % в середине 1993 года, и поскольку правительство страны постоянно испытывает нехватку наличных денежных ресурсов, маловероятно, что уничтожению лесов скоро придет конец.
Постепенно увеличивается количество национальных парков, но в ситуации, когда нелегальные вырубки также стремительны, как и официальные, ни одно дерево не может быть в полной безопасности. Из парков можно упомянуть Бокор, на южном побережье, Реам, около Сиханоуквилль, Кириром, неподалёку от Пномпеня и Вирачей на границе Лаоса и Вьетнама.
Некоторые виды животных, находящиеся под угрозой и являющиеся вымирающими в других местах, могут укрыться в удалённых районах Камбоджи. Это слоны, тигры, леопарды, носороги, гиббоны, летучие мыши и крокодилы. Также широко распространены бабочки, змеи и такие птицы, как большой баклан, журавль и утка.